Η κλήρωση πραγματοποιήθηκε το μεσημέρι στο Μόναχο και δεδομένα στους ομίλους βρίσκονται Ηρακλής και Μύκονος.
Ο Ηρακλής είχε τοποθετηθεί στο 4ο γκρουπ δυναμικότητας και η ¨πρωτάρα" Μύκονος στο 5ο.
Ο Ηρακλής κληρώθηκε στον E' όμιλο και θα παίξει με τις MZT Σκοπίων, τη γνώριμή του από την ENBL 2025/26, Ντζίκι Βαρσοβίας (Πολωνία), ΑΕΚ Λάρνακας, Βίρτσμπουργκ (Γερμανία) και Ταρτού (Εσθονία).
Η Μύκονος κληρώθηκε στον Η' όμιλο και θα παίξει με τον νικητή του προκριματικού Πάρνου (Εσθονία)-Νέρτσι (Αζερμπαϊτζάν), τη βουλγαρική Λοκομοτίβ Πλόβντιβ, τη ρουμανική Οραντέα, την ελβετική Φριμπούργκ και τη λετονική VEF Ρίγα.
Εφόσον Προμηθέας Πάτρας και Κολοσσός Ρόδου δεν περάσουν σε όμιλο του Basketball Champions League, κληρώθηκαν απευθείας σε ομίλους του FIBA Europe Cup.
O Προμηθέας Πάτρας κληρώθηκε στον Α' όμιλο με τις Μπατούμι (Γεωργία), Σπλιτ (Κροατία), Τρέπτσα (Κόσοβο), Οπάβα (Τσεχία) και Τρίερ (Γερμανία).
Ο Κολοσός Ρόδου κληρώθηκε στον Γ' όμιλο με τις Γκεντσέ (Αζερμπαϊτζάν), Ουνιβερσιτατέα Κραϊόβα (Ρουμανία), Σπόρτιγκ (Πορτογαλία), Ρίλσκι (Βουλγαρία), και στην Εροκσπόρ (Τουρκία).
Συνολικά 48 ομάδες θα συμμετάσχουν στην κανονική περίοδο και κληρώθηκαν οκτώ όμιλοι των έξι ομάδων ο καθένας.
Οι όμιλοι της κανονικής περιόδου:
Οι ομάδες με αστερίσκο μετέχουν στα προκριματικά του BCL. Εφόσον προκριθούν σε ομίλους του BCL θα αντικατασταθούν από άλλες ομάδες των προκριματικών στους ομίλους του FEC.
H κανονική περίοδος αρχίζει στις 7 Οκτωβρίου και ολοκληρώνεται 23 Δεκεμβρίου.
Από κάθε όμιλο προκρίνονται στους "16" οι δύο πρώτοι και εκεί δημιουργούνται τέσσερις νέοι όμιλοι των τεσσάρων ομάδων.
Στους «16» του FEC προκρίνονται οι δύο πρώτοι από κάθε όμιλο, ενώ οι επόμενες φάσεις, μέχρι και την ανάδειξη του πρωταθλητή της διοργάνωσης κρίνονται σε διπλά παιχνίδια, με κριτήριο τη διαφορά.
Η φάση των "16" αρχίζει στις 6 Ιανουαρίου 2027 και τελειώνει στις 10 Φεβρουαρίου.
Οι προημιτελικοί θα γίνουν 10/2, 17/2, οι ημιτελικοί 31/3, 7/4 και οι τελικοί 21/4, 28/4.
